Project information
Module for Management and Integration of Proteomic Data from Mass Spectrometry
(ProDIK)
- Project Identification
- MUNI/71/13287/2025
- Project Period
- 11/2025 - 12/2026
- Investor / Pogramme / Project type
-
Masaryk University
- Mini Open Science II - Pilot
- MU Faculty or unit
- Central European Institute of Technology
Výstupem minizáměru bude softwarový balík (ProDIK), který umožní standardizovaný přenos, primární zpracování a vizualizaci proteomických dat získaných pomocí hmotnostních spektrometrů (MS). Software bude obsahovat:
- Specifikaci metadat pro MS data dle zavedených mezinárodních standardů EU: SDRF (Sample and Data Relationship Format), PSI-MS CV (Controlled Vocabulary) a mzQC (Mass Spectrometry Quality Control).
- Uživatelsky přívětivé grafické rozhraní (GUI) pro zadávání, editaci a správu metadat s možností propojení na centrální omický repozitář skrze plánované API.
- Backend aplikace pro automatizované nahrávání samotných proteomických dat ze zařízení MS do zabezpečeného prostředí repozitáře, včetně „on the fly“ kontroly kvality dat (QC) a jejich následného uložení spolu s daty ve formě metadat.
- Integraci skriptu generujícího QC metadata přímo do frontendového GUI, což umožní zpětnou editaci, verifikaci a správu kvality dat již během nahrávání, a současně nabídne uživatelům možnost manuální kontroly a doplnění těchto metadat ještě před uložením do repozitáře.
Software umožní uživatelům jednoduše integrovat proteomická data do vznikajících omických repozitářů.