Project information
Module for Management and Integration of Proteomic Data from Mass Spectrometry (ProDIK)

Information

This project doesn't include Faculty of Science. It includes Central European Institute of Technology. Official project website can be found on muni.cz.
Project Identification
MUNI/71/13287/2025
Project Period
11/2025 - 12/2026
Investor / Pogramme / Project type
Masaryk University
MU Faculty or unit
Central European Institute of Technology

Výstupem minizáměru bude softwarový balík (ProDIK), který umožní standardizovaný přenos, primární zpracování a vizualizaci proteomických dat získaných pomocí hmotnostních spektrometrů (MS). Software bude obsahovat:

  • Specifikaci metadat pro MS data dle zavedených mezinárodních standardů EU: SDRF (Sample and Data Relationship Format), PSI-MS CV (Controlled Vocabulary) a mzQC (Mass Spectrometry Quality Control).
  • Uživatelsky přívětivé grafické rozhraní (GUI) pro zadávání, editaci a správu metadat s možností propojení na centrální omický repozitář skrze plánované API.
  • Backend aplikace pro automatizované nahrávání samotných proteomických dat ze zařízení MS do zabezpečeného prostředí repozitáře, včetně „on the fly“ kontroly kvality dat (QC) a jejich následného uložení spolu s daty ve formě metadat.
  • Integraci skriptu generujícího QC metadata přímo do frontendového GUI, což umožní zpětnou editaci, verifikaci a správu kvality dat již během nahrávání, a současně nabídne uživatelům možnost manuální kontroly a doplnění těchto metadat ještě před uložením do repozitáře.


Software umožní uživatelům jednoduše integrovat proteomická data do vznikajících omických repozitářů.

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.