Informace o projektu
Modul pro správu a integraci proteomických dat z hmotnostních spektrometrů
(ProDIK)
- Kód projektu
- MUNI/71/13287/2025
- Období řešení
- 11/2025 - 12/2026
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Masarykova univerzita
- Minizáměry Open Science II - Pilot
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
Výstupem minizáměru bude softwarový balík (ProDIK), který umožní standardizovaný přenos, primární zpracování a vizualizaci proteomických dat získaných pomocí hmotnostních spektrometrů (MS). Software bude obsahovat:
- Specifikaci metadat pro MS data dle zavedených mezinárodních standardů EU: SDRF (Sample and Data Relationship Format), PSI-MS CV (Controlled Vocabulary) a mzQC (Mass Spectrometry Quality Control).
- Uživatelsky přívětivé grafické rozhraní (GUI) pro zadávání, editaci a správu metadat s možností propojení na centrální omický repozitář skrze plánované API.
- Backend aplikace pro automatizované nahrávání samotných proteomických dat ze zařízení MS do zabezpečeného prostředí repozitáře, včetně „on the fly“ kontroly kvality dat (QC) a jejich následného uložení spolu s daty ve formě metadat.
- Integraci skriptu generujícího QC metadata přímo do frontendového GUI, což umožní zpětnou editaci, verifikaci a správu kvality dat již během nahrávání, a současně nabídne uživatelům možnost manuální kontroly a doplnění těchto metadat ještě před uložením do repozitáře.
Software umožní uživatelům jednoduše integrovat proteomická data do vznikajících omických repozitářů.