doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.

2024

• Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení

  HADDADI Faraneh VÁVRA Ondřej BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav DAMBORSKÝ Jiří

  Software

  Year: 2024

• Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes

  VÁVRA Ondřej TYZACK J. HADDADI Faraneh DVORSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav THORNTON J.M. BEDNÁŘ David

  Article in Periodical

  Journal of Cheminformatics, year: 2024, volume: 16, edition: 1, DOI

• PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning

  ŠTOURAČ Jan BORKO Simeon KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DOBIÁŠ Adam PLANAS IGLESIAS Joan MAZURENKO Stanislav RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Article in Periodical

  Briefings in Bioinformatics, year: 2024, volume: 25, edition: 1, DOI

• Stabilní lidský fibroblastový růstový faktor 4 (FGF4-STAB)

  VILÍM Jan GHAZALOVÁ Tereza KAILOVA K. KUTÁLKOVÁ K. BEDNÁŘ David

  Outcomes put into operation (prototype, working sample)

  Year: 2024

• Stabilní lidský fibroblastový růstový faktor 8 (FGF8-STAB)

  VILÍM Jan GHAZALOVÁ Tereza HORÁKOVÁ Denisa KUTÁLKOVÁ Kateřina BEDNÁŘ David

  Outcomes put into operation (prototype, working sample)

  Year: 2024

• Stabilní lidský fibroblastový růstový faktor 9 (FGF9-STAB)

  VILÍM Jan GHAZALOVÁ Tereza IKRÉNYIOVÁ Tereza KUTALKOVÁ Kateřina BEDNÁŘ David

  Outcomes put into operation (prototype, working sample)

  Year: 2024

• Successor Sequence Predictor (SSP)

  KHAN Rayyan Tariq KOHOUT Pavel MUSIL Miloš ROSÍNSKÁ Monika DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David VILÍM Jan

  Software

  Year: 2024

• Upravená dehalogenáza LinB116 se zlepšenou termostabilitou

  HAVLÁSEK Martin DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Outcomes put into operation (prototype, working sample)

  Year: 2024

• Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů

  KOHOUT Pavel DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Software

  Year: 2024

2023

• Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning

  KUNKA Antonín MARQUES Sérgio Manuel HAVLÁSEK Martin VAŠINA Michal VELÁTOVÁ Nikola CENGELOVÁ Lucia KOVÁŘ David DAMBORSKÝ Jiří MAREK Martin BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk

  Article in Periodical

  ACS Catalysis, year: 2023, volume: 13, edition: 19, DOI