Informace o projektu
Optimalizace struktur proteinů predikovaných umělou inteligencí

Proteinové 3D struktury predikované pomocí umělé inteligence jsou dnes již rutinně využívány pro výzkum. AI predikované proteiny však obvykle obsahují různé strukturní chyby, které jejich využití ve výzkumu mnohdy komplikují nebo přímo znemožňují. Časová náročnost odstranění těchto chyb současnými nástroji řádově přesahuje samotnou dobu predikce a vyžaduje pokročilou znalost výpočetní chemie a informačních technologií. Proto jsou obvykle strukturní chyby v proteinových strukturách ponechány. Tento projekt si klade za cíl snížení časové náročnosti odstranění strukturních chyb v AI predikovaných proteinech na takovou úroveň, aby bylo možné danou službu zpřístupnit jako webovou aplikaci. Tím by byl zároveň vyřešen i problém s technickou náročností procesu. Konkrétně v rámci projektu navrhneme softwarový nástroj pro optimalizaci proteinových struktur predikovaných umělou inteligencí, jehož časová náročnost bude lineární vzhledem k velikosti struktury. Nástroj bude přístupný vědecké komunitě skrze webovou aplikaci, na které bude možné nejen spustit výpočet ale také vizualizovat a analyzovat výsledky. Algoritmus bude navíc paralelizovatelný, což v kombinaci s výpočetními zdroji infrastruktury e-INFRA CZ zaručí maximální dobu výpočtu pro průměrný protein pod 5 minut. Pro dosažení efektivního využití dostupných výpočetních zdrojů bude webová aplikace na základě požadavků uživatelů spouštět samotné výpočetní úlohy v platformě Kubernetes.