Loschmidtovy laboratoře

Články

• Acridine-Based Chalcone 1C and ABC Transporters

  FRANKO Ondrej CIZMARIKOVA Martina KELLO Martin MICHALKOVA Radka WESOLOWSKA Olga SRODA-POMIANEK Kamila MARQUES Sérgio Manuel BEDNÁŘ David HAZIKOVA Viktoria LISKA Tomas Jan HABALOVA Viera

  Článek v odborném periodiku

  International Journal of Molecular Sciences, rok: 2025, ročník: 26, vydání: 9, DOI

• Anticipating protein evolution with successor sequence predictor

  KHAN Rayyan Tariq KOHOUT Pavel MUSIL Miloš ROSINSKA Monika DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2025, ročník: 17, vydání: 1, DOI

• Automated Engineering Protein Dynamics via Loop Grafting: Improving Renilla Luciferase Catalysis

  PLANAS IGLESIAS Joan MAJEROVÁ Marika PLUSKAL Daniel VAŠINA Michal DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk MAREK Martin BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  ACS Catalysis, rok: 2025, ročník: 15, vydání: 4, DOI

• Biochemical and Computational Characterization of Haloalkane Dehalogenase Variants Designed by Generative AI: Accelerating the SN2 Step

  GELFAND Natalia OREL Vojtěch CUI Wenqiang DAMBORSKÝ Jiří LI Chenglong PROKOP Zbyněk XIE Wen Jun WARSHEL Arieh

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2025, ročník: 147, vydání: 3, DOI

• Caver Web 2.0: analysis of tunnels and ligand transport in dynamic ensembles of proteins

  MARQUES Sérgio Manuel BORKO Simeon VÁVRA Ondřej DVORSKÝ Jan KOHOUT Petr KABOUREK Petr HEJTMÁNEK Lukáš DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2025, ročník: 53, vydání: May 2025, DOI

• Discovery of new inhibitors of nuclease MRE11

  NIKULENKOV Fedor CARBAIN Benoit Jean-Pierre BISWAS Raktim HAVEL Štěpán PROCHÁZKOVÁ Jana SISÁKOVÁ Alexandra ZACPALOVÁ Magdaléna CHAVDAROVA Melita MARINI PALOMEQUE María Victoria VŠIANSKÝ Vít WEISOVÁ Veronika SLÁVIKOVÁ Kristína BIRADAR Dhanraj Omprakash KHIRSARIYA PrashantKumar VITEK Marco SEDLAK David BARTUNEK Petr DANIEL Lukáš BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří PARUCH Kamil KREJČÍ Lumír

  Článek v odborném periodiku

  European Journal of Medicinal Chemistry, rok: 2025, ročník: 285, vydání: March, DOI

• Engineering Dehalogenase Enzymes Using Variational Autoencoder-Generated Latent Spaces and Microfluidics

  KOHOUT Pavel VAŠINA Michal MAJEROVÁ Marika NOVÁKOVÁ Veronika DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David MAREK Martin PROKOP Zbyněk MAZURENKO Stanislav

  Článek v odborném periodiku

  JACS AU, rok: 2025, ročník: 5, vydání: 2, DOI

• Functional Characterization of Luciferase in a Brittle Star Indicates Parallel Evolution Influenced by Genomic Availability of Haloalkane Dehalogenase

  LAU Emily S. MAJEROVÁ Marika HENSLEY Nicholai M. MUKHERJEE Arnab VAŠINA Michal PLUSKAL Daniel DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk DELROISSE Jerome BAYAERT Wendy-Shirley PAREY Elise OLIVERI Paola MARLETAZ Ferdinand MAREK Martin OAKLEY Todd H.

  Článek v odborném periodiku

  Molecular Biology and Evolution, rok: 2025, ročník: 42, vydání: 5, DOI

• Haloalkane dehalogenases other than LinB can contribute to the γ-hexachlorocyclohexane utilization

  CHEN Nannan KISHIDA Kouhei STARI Leonardo MORIUCHI Ryota OHTSUBO Yoshiyuki DAMBORSKÝ Jiří NAGATA Yuji

  Článek v odborném periodiku

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, rok: 2025, ročník: 89, vydání: 6, DOI

• Moldina: a fast and accurate search algorithm for simultaneous docking of multiple ligands

  HALFAR Radek DAMBORSKÝ Jiří MARQUES Sérgio Manuel MARTINOVIC Jan

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2025, ročník: 17, vydání: 1, DOI